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Bangladesh/GSD_00G4PNA.1/2025-11-05
M. A. O. Nasif, A. N. Alam, M. H. K. Jony, M. A. Bhuiyan, S. Sultana, A. Hossen, L. Karmakar & T. Shirin

Institute of Epidemiology, Disease Control and Research, Dhaka, Dhaka

Submission details

Submission ID
OZ484504.1
Date submitted
2026-06-19 05:10:01 UTC
Date released
2026-06-19 05:10:58 UTC

INSDC

bioprojectAccession
biosampleAccession
INSDC accession
NCBI release date
2026-06-17
NCBI update date
2026-06-18

Clade & Lineage

Clade
4II_A.1

Sample details

Collection country
Bangladesh
Collection subdivision level 1
Dhaka
Collection date
2025-11-05
Isolate name
IEDCR-ARBV2501018

Host


Alignment and QC

Length
10511 (88.8%)
Total SNPs
618
Total unknown nucs
1060

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_002640.1 reference

Substitutions

  • G77A
  • T212C
  • T215C
  • C266T
  • A278G
  • G299A
  • G314A
  • G317A
  • A320G
  • C365T
  • C372T
  • G374A
  • C386T
  • G387A
  • A394G
  • G404A
  • A407G
  • C419T
Deletions
N/A
Insertions
N/A

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_002640.1 reference

Substitutions

2K

  • 2K:I21V

C

  • C:G96R
  • C:K98R
  • C:I102M

E

  • E:S120L
  • E:M163T
  • E:T239I
  • E:L357F
  • E:V364I
  • E:N384D
  • E:F461L

NS1

  • NS1:A6V
  • NS1:S9N
  • NS1:H50Y
  • NS1:S109N
  • NS1:S131N
  • NS1:P144S
  • NS1:S152F
  • NS1:L153F
  • NS1:F171L
  • NS1:K245R
  • NS1:V265A

NS2A

  • NS2A:V19M
  • NS2A:M51V
  • NS2A:L113F
  • NS2A:Q138H
  • NS2A:M158T
  • NS2A:L171F

NS2B

  • NS2B:V74I
  • NS2B:T119A
  • NS2B:M123I

NS3

  • NS3:K14Q
  • NS3:A17T
  • NS3:L30F
  • NS3:R142K
  • NS3:S292C
  • NS3:A321S
  • NS3:T322I
  • NS3:K381R
  • NS3:P435T
  • NS3:E558K
  • NS3:R594K

NS4A

  • NS4A:S12T
  • NS4A:R20K
  • NS4A:R36K
  • NS4A:T87A

NS4B

  • NS4B:A175V
  • NS4B:F187L
  • NS4B:L199M

NS5

  • NS5:Q139H
  • NS5:K200R
  • NS5:N204S
  • NS5:T235I
  • NS5:I276V
  • NS5:Q285R
  • NS5:I335V
  • NS5:V373I
  • NS5:K387R
  • NS5:N390S
  • NS5:S429N
  • NS5:G499S
  • NS5:E501Q
  • NS5:E521D
  • NS5:M530I
  • NS5:Q548L
  • NS5:I563T
  • NS5:R586K

prM

  • prM:S2H
  • prM:Y142H
Deletions
N/A
Insertions
N/A